佛学院设有教务处、学生处、学衔处、研究室、办公室、总务处和人事处七个正处级职能部门，另设教材办公室和西黄寺管理处两个临时机构。

　　1、教务处: 负责制定教学计划；负责师资聘用管理和思想工作；负责教学评估、教学研究；负责编辑内部刊物《学习园地》杂志；负责学院相关的佛事活动及服务工作；负责学衔工作；负责藏传佛教学衔工作指导委员会办事机构的相关工作。

　　2、学生处：负责制定招生计划，落实招生工作和组织招生调研；负责学员在校期间的学习、生活、活动等的组织与管理；负责学员档案的建立与管理；负责学员的思想政治工作和掌握师生的思想动态。

    3、学衔处：负责学衔制度建设，学衔授予组织实施；负责藏传佛教学衔工作指导委员会及评定委员会相关工作；负责藏传佛教代表人士培训并制定培训计划，负责培训联络和组织实施工作等。

　　4、研究室：负责藏传佛教传统学经制度、僧人教育情况和各教派传统寺院教育与现状的调查研究，完善藏传佛教学衔制度；承担学院《教义阐释园地》编印等相关工作；负责学院对外宣传工作和图书馆建设与管理；负责学院网络管理及电子设备维护服务。

    5、办公室：负责全院行政事务；负责财务、安保、交通、机要、文秘、文书档案管理、联络接待等工作；负责全院工作的组织协调；负责学院各类会议的组织工作。

　　6、人事处：负责人事管理工作，制订全院的人事工作计划；负责人员的录用、调配、晋升、职称评聘、任免程序的组织和相关手续的办理，负责工资、福利核定，考勤管理，干部培训，人事统计，人事档案管理，社会保险等相关工作；兼党务工作职责，承担党支部交办的各项工作以及工青妇群工作；负责外事管理、外事政审及港澳台等工作；负责离退休手续的办理，离退休人员的管理等工作；负责思想政治教育、计划生育、遗属抚恤等工作。

    7、总务处：负责后勤管理及后勤保障（含物业及食堂管理）；固定资产管理；政府采购，包括学院所有耗材、办公用品、礼品的采购；房屋管理及维修；文物及环境保护等工作；基本建设、安全生产等工作。

　　临设机构职能：

　　1.教材办：负责提出教材体系建设方案；拟定各班次教学大纲；研究编制教学科目课时安排，提出教材编写方案；编写教材。

　　2、西黄寺管理处：负责西黄寺的文物保护、宣教、展览等。